| 挂靠单位 | 机构名称 | 负责人 | 成立时间 |
| 文学院 | 戏剧影视研究所 原名：戏剧研究室，更名时间：1989 |
胡星亮 | 1964 |
| 文学院 | 《全清词》编纂研究室 | 张宏生 | 1982 |
| 文学院 | 古典文献研究所 | 程章灿 | 1983 |
| 文学院 | 台港暨海外华文文学研究中心 | 刘俊 | 1993 |
| 文学院 | 比较文学与比较文化研究所 | 周宪 | 1995 |
| 文学院 | 域外汉籍研究所 | 张伯伟 | 2000 |
| 文学院 | 中国诗学研究中心 | 莫砺锋 | 2000 |
| 文学院 | 方言与文化研究所 | 顾黔 | 2009 |
| 文学院 | 亚洲影视与传媒研究中心 | 周安华 | 2015 |
| 文学院 | 汉语史研究所 | 张玉来 | 2015 |
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| 历史学院 | 国际关系研究院 原名：国际关系研究室，更名时间：2000 |
朱瀛泉 | 1964 |
| 历史学院 | 英国与英联邦国家研究所 原名：英国史研究室，更名时间：1999 |
刘成 | 1983 |
| 历史学院 | 台湾研究所 | 刘相平 | 1991 |
| 历史学院 | 民族与边疆研究中心 原名：民族研究所，更名时间：2004 |
杨晓春 | 1992 |
| 历史学院 | 欧洲研究中心 原名：欧盟研究所，更名时间：2005 |
陈晓律 | 1998 |
| 历史学院 | 文化与自然遗产研究所 | 贺云翱 | 2003 |
| 历史学院 | 南京大屠杀史研究所 | 张宪文 | 2006 |
| 历史学院 | 拉贝国际和平与冲突化解研究交流中心 | 杨善友 | 2006 |
| 历史学院 | 中国文化与文物研究所 | 杨休 | 2009 |
| 历史学院 | 南京历史文化研究中心 | 贺云翱 | 2010 |
| 历史学院 | 民国影像研究中心 | 陈谦平 | 2014 |
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| 哲学系 | 东方道德研究中心 原名：思想品德教育研究室，更名时间：1995 |
杨明 | 1983 |
| 哲学系 | 东方哲学与宗教文化研究中心 原名：中国哲学史研究室，更名时间：2015 |
洪修平 | 1983 |
| 哲学系 | 科学技术与社会研究所 原名：哲学与当代研究所，更名时间：2004 |
郑毓信 | 1989 |
| 哲学系 | 旭日佛学研究中心 原名：佛学与宗教学研究中心，更名时间：2003 |
赖永海 | 2000 |
| 哲学系 | 戴安/杰尔福特·格来泽犹太和以色列研究所 原名：犹太文化研究所，更名时间：2012 |
徐新 | 2000 |
| 哲学系 | 现代逻辑与逻辑应用研究所 | 张建军 | 2003 |
| 哲学系 | 道学与东方文化研究中心 | 徐小跃 | 2014 |
| 哲学系 | 现象学研究所 | 王恒 | 2016 |
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| 新闻传播学院 | 大众传播研究所 | 夏文蓉 | 1992 |
| 新闻传播学院 | 媒介经济与管理研究所 原名：国际传媒研究所，更名时间：2015 |
丁和根 | 2002 |
| 新闻传播学院 | 政府新闻学研究所 原名：传媒发展研究中心，更名时间：2006 |
方延明 | 2002 |
| 新闻传播学院 | 新闻研究所 | 丁柏铨 | 2003 |
| 新闻传播学院 | 城市文化传播研究中心 | 方延明 | 2011 |
| 新闻传播学院 | 中华图像文化研究所 | 韩丛耀 | 2012 |
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| 外国语学院 | 双语词典研究中心 | 魏向清 | 1994 |
| 外国语学院 | 美国文学与文化研究中心 | 江宁康 | 2000 |
| 外国语学院 | 翻译研究所 | 许钧 | 2002 |
| 外国语学院 | 中德文化比较研究所 | 孔德明 | 2005 |
| 外国语学院 | 外国语言学研究所 | 张韧 | 2008 |
| 外国语学院 | 中国-北欧文化研究中心 | 何成洲 | 2010 |
| 外国语学院 | 韩国学研究中心 | 尹海燕 | 2010 |
| 外国语学院 | 俄罗斯学研究中心 | 王加兴 | 2014 |
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| 商学院 | 人口研究所 | 夏海勇 | 1984 |
| 商学院 | 数量经济技术经济研究所 | 茅宁 | 1990 |
| 商学院 | 企业战略研究所 原名：经济发展与管理研究中心，更名时间：1998 |
陈传明 | 1990 |
| 商学院 | 投资金融研究中心 | 姜宁 | 1997 |
| 商学院 | 会计与财务研究院 原名：企业理财研究中心，更名时间：2008 |
杨雄胜 | 1997 |
| 商学院 | 品牌与服务管理研究中心 原名：市场研究与咨询中心，更名时间：2011 |
韩顺平 | 1998 |
| 商学院 | 房地产信息研究中心 原名：不动产研究中心，更名时间：2001 |
高波 | 1999 |
| 商学院 | 关百豪国际金融管理研究所 | 裴平 | 2001 |
| 商学院 | 公司与证券研究所 | 刘志彪 | 2002 |
| 商学院 | 国际经济研究所 | 张二震 | 2002 |
| 商学院 | 民营经济研究所 | 杨德才 | 2005 |
| 商学院 | 企业家研究所 | 郑江淮 | 2005 |
| 商学院 | 中国直销研究中心 | 董伊人 | 2006 |
| 商学院 | 金融计量与风险管理研究中心 | 张涤新 | 2008 |
| 商学院 | 现代经济学研究中心 | 范从来 | 2011 |
| 商学院 | 巴菲特价值投资研究中心 | 范从来 | 2012 |
| 商学院 | 中奥熊彼特创新中心 原名：中奥熊彼特创新研究中心，更名时间：2014 |
安同良 | 2014 |
| 商学院 | 管理哲学研究所 | 杨忠 | 2014 |
| 商学院 | 经济增长研究中心 | 沈坤荣 | 2016 |
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法学院 |
中德法学研究所 原名：中德经济法研究所，更名时间：2001 |
方小敏 | 1988 |
| 法学院 | 人权法研究所 原名：东方法律文化研究中心，更名时间：2011 |
杨春福 | 1993 |
| 法学院 | 犯罪预防与控制研究所 | 狄小华 | 2001 |
| 法学院 | 住宅政策与不动产法研究中心 | 金俭 | 2004 |
| 法学院 | 经济法研究所 原名：中国经济法研究所，更名时间：2012 |
李友根 | 2005 |
| 法学院 | 经济刑法研究所 | 孙国祥 | 2006 |
| 法学院 | 私法研究所 | 叶金强 | 2012 |
| 法学院 | 商法研究中心 原名：知识产权产业化（资本化）研究中心，更名时间：2017 |
范健 | 2012 |
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| 政府管理学院 | 中国政治与行政发展研究所 | 闾小波 | 1994 |
| 政府管理学院 | 组织文化研究所 原名：软科学及系统科学研究所，更名时间：2001 |
朱国云 | 1995 |
| 政府管理学院 | 公共事务与政策研究所 原名：亚太21世纪研究中心，更名时间：2003 |
孔繁斌 | 1998 |
| 政府管理学院 | 社会保障研究中心 原名：社区发展暨援助研究中心，更名时间：2015 |
林闽钢 | 2003 |
| 政府管理学院 | 卫生政策与管理研究中心 原名：公共卫生管理与医疗保障政策研究中心，更名时间：2016 |
顾海 | 2010 |
| 政府管理学院 | 服务型政府研究所 | 张康之 | 2010 |
| 政府管理学院 | 残疾人事业发展研究中心 | 周沛 | 2010 |
| 政府管理学院 | 国际政治经济学研究中心 | 李滨 | 2012 |
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| 社会学院 | 社会心理学研究所 | 翟学伟 | 1994 |
| 社会学院 | 当代中国研究中心 原名：中国社会与文化研究中心，更名时间：2010 |
周晓虹 | 2004 |
| 社会学院 | 社会文化人类学研究所 | 范可 | 2005 |
| 社会学院 | 社会建设与社会工作研究中心 | 彭华民 | 2015 |
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| 信息管理学院 | 信息产业研究所 | 孙建军 | 1993 |
| 信息管理学院 | 信息技术开发研究所 原名：信息技术研究室，更名时间：1998 |
苏新宁 | 1998 |
| 信息管理学院 | 出版科学研究院 原名：出版科学研究所，更名时间：2012 |
张志强 | 1998 |
| 信息管理学院 | 中国智库研究与评价中心 | 李刚 | 2015 |
| 信息管理学院 | 政务数据研究所 | 胡广伟 | 2016 |
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| 教育研究院 | 高等教育研究所 原名：高等教育研究室，更名时间：1987 |
余秀兰 | 1986 |
| 教育研究院 | 教育经济与管理研究所 原名：心理健康研究中心，更名时间：2015 |
操太圣 | 2001 |
| 教育研究院 | 教育信息化研究所 原名：网络化学习与管理研究所，更名时间：2015 |
王运来 | 2004 |
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| 工程管理学院 | 创业投资研究与发展中心 | 钱志新 | 2006 |
| 工程管理学院 | 社会科学计算实验中心 | 盛昭瀚 | 2007 |
| 工程管理学院 | 南京大学-斯坦福大学管理科学与工程研究中心 | 盛昭瀚 | 2011 |
| 工程管理学院 | 南京大学-牛津大学金融创新研究院 | 李心丹 | 2015 |
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| 美术研究院 | 雕塑艺术研究所 | 吴为山 | 1998 |
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| 中美文化研究中心 | 国际问题研究所 | 石斌 | 2000 |
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| 艺术研究院 | 艺术文化研究所 | 康尔 | 2008 |
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| 体育部 | 体育科学研究所 | 殷飞 | 2002 |
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| 马克思主义学院 | 革命根据地研究所 原名：华东地方革命研究室，更名时间：1988 ? |
杨丹伟 | 1983 |
| 马克思主义学院 | 中国特色社会主义研究中心 原名：邓小平理论研究中心，更名时间：2014 |
王明生 | 1998 |
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| 地理与海洋科学学院 | 人文地理研究中心 | 黄贤金 | 2012 |
| 地理与海洋科学学院 | 非洲研究所 原名：非洲经济地理研究室，更名时间：1993 |
张振克 | 1964 |
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| 建筑与城市规划学院 | 城乡治理与政策研究中心 | 罗小龙 | 2015 |
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| ? | 东方书画艺术研究中心 | 张捷 | 1987 |
| ? | 学衡研究院 原名：中日文化研究中心，更名时间：2016 |
孙江 | 2001 |
| ? | 亚太发展研究中心 | 石斌 | 2016 |